L'endoscopie est l'acte par lequel on effectue une exploration ou un traitement par les voies naturelles. Le plus souvent il s'agit de vidéo-endoscopie, à savoir que les images sont retransmises sur un écran TV. Les endoscopies sont pratiquées par les Urologues si il s'agit des voies urinaires, par les Pneumologues dans le cas des voies aériennes et par les Gastroentérologues si il s'agit des voies digestives hautes ou basses. Dans certains cas un accès percutané est nécessaire et pratiqué dans la même Unité. Le plateau comprend également un Lithotripteur de dernière génération qui permet de casser les calculs rénaux, biliaires ou pancréatiques par voie externe. Les examens thérapeutiques sont le plus souvent pratiqués sous anesthésie par l'équipe d'anesthésie Hors Quartier.